我在阿里旅行的合作旅店住三天，最后结账可以使用花呗付款么？

不一定，只有拥有花呗标识的商家才支持使用花呗付款。如果您使用的是信用住，离店扣费的首选就是花呗。也就是说信用住里的商家都是支持花呗付款的。当然如果花呗额度不足，系统会按您设定的消费排序选择优先扣除支付宝绑定银行卡，支付宝余额或是余额宝里的金额。无需手动进行设置。