我第一套是商业贷款还没还清，第二套住房用公积金贷款可以吗

你说的这种情况是可以的。

一般来说，商业贷款和住房公积金贷款是两种不同的购房贷款方式，他们之间是相互比较独立的，一方的变动并不会对另外一方产生多么严重的影响。所以，如果你的第一套房是商业贷款，那么对于你第二套房是不是采用住房公积金贷款是没有影响的，即使第一套房的商业贷款没有还清也是没什么影响的。